Une application à la fois, chacune avec un objectif unique
Chaque outil est une application autonome : on l'ouvre, on l'utilise, on la referme. Choisissez celle qui correspond à la tâche du moment. Toutes tournent entièrement dans le navigateur — aucune donnée n'est envoyée sur un serveur.
Repère les individus en double dans une matrice de génotypes microsatellites, en comparant tous les individus deux à deux. Gère les locus à 2, 3 ou 4 allèles.
Ouvrir →Transforme une matrice de génotypes en disposition FLOCK (un allèle par colonne), en développant les locus à 3-4 allèles en versions diploïdes. Prête à rouler dans FLOCK.
Ouvrir →Conversion inverse : d'une matrice en disposition FLOCK vers le format à allèles collés utilisé par PAPA, PASOS et l'outil Doublons.
Ouvrir →Compare des génotypes testés à deux lignées parentales par la vraisemblance « à la Paetkau » + leave-one-out (reproduit les classifications de FLOCK). Analyse en deux étapes, portraits de ploïdie, critère par centiles. Téléversement de vos fichiers.
Ouvrir →Regroupe des lignées de référence par la distance standard de Nei (1972) et l'UPGMA. Calcul validé contre PHYLIP et adegenet sur quatre jeux microsatellites publiés. Téléversement de vos fichiers.
Ouvrir →Reconstitue, locus par locus, le génotype d'une femelle à partir des génotypes de ses juvéniles, par le nombre de compatibilités (méthode de Pierre Duchesne). Calcul vérifié contre le programme Maple de l'auteur. Téléversement de vos fichiers.
Ouvrir →Cherche les fichiers de juvéniles (un fichier par femelle) qui pourraient provenir d'une même femelle : reconstitue la femelle pour chaque combinaison de fichiers, avec un plafond d'incompatibles, puis forme les groupes de fichiers et cherche les génotypes dans une banque de femelles. Proposé par Pierre Duchesne ; calcul vérifié par une programmation indépendante.
Ouvrir →Des juvéniles d'une femelle inconnue proviennent-ils d'une femelle déjà reconstituée, ou d'une femelle de la banque ? Compte, pour chaque femelle et chaque groupe, les juvéniles compatibles à tous les locus, et compare les groupes par le test exact de Fisher (validé contre R).
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