Doublons de génotypes

Compare tous les individus deux à deux et compte les locus identiques. Gère les locus à 2, 3 ou 4 allèles, mélangés dans un même fichier.

1 Les données

Coller la matrice, ou ouvrir un fichier

Une ligne par individu : l'identifiant, puis les génotypes. Chaque allèle est scoré sur 3 chiffres, donc un locus diploïde fait 6 chiffres (163175), un triploïde 9 (163175188) et un tétraploïde 12 (163175188200) ; la ploïdie est déduite automatiquement. Les allèles séparés par /, - ou | sont aussi acceptés. Séparateur de colonnes tabulation, virgule, point-virgule ou espaces — détecté tout seul. Les en-têtes et les colonnes qui ne sont pas des génotypes sont ignorés.

2 Les règles de comparaison

Ignorer l'ordre des allèles192176 et 176192 comptent comme le même génotype. Écarter les locus manquantsUn locus absent chez l'un des deux n'est ni identique ni différent : il sort du calcul.

Code des données manquantes

locus identiques

« Au moins » sert à trouver les doublons et les quasi-doublons. « Exactement » reproduit le comportement de la feuille Maple d'origine.

3 Le résultat

Répartition des paires selon le nombre de locus identiques

Les vrais doublons se détachent tout en bas : une petite grappe de paires à leur maximum, séparée du gros du nuage. C'est la coupure, pas le seuil choisi d'avance, qui indique où sont les doublons.

Paires retenues

Individu A	Individu B	Locus identiques	Locus comparés	Locus qui diffèrent