Tableau des compatibilités

Des juvéniles d'une femelle inconnue proviennent-ils d'une femelle déjà reconstituée ?

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Données

Chaque fichier contient un groupe de juvéniles issus d'une même femelle (disposition FLOCK : identifiant, puis 2 colonnes par locus, avec le nom du locus au-dessus de la première ; ou allèles collés : 1 colonne par locus, ex. 268272 ; .xls, .xlsx ou .csv). Pour chaque groupe de référence, la page reconstitue la femelle avec la méthode de l'outil Reconstitution d'une femelle ; seuls les groupes qui donnent un seul génotype candidat fournissent une femelle. Tous les fichiers doivent partager le même panel de locus. À l'ouverture, la page montre un exemple (voir le pied de page).

Groupes de référence (J) : Groupe(s) à tester : Femelles déjà connues (facultatif) :

Le fichier facultatif des femelles contient une femelle par ligne (identifiant, puis son génotype, même disposition) ; il permet d'ajouter à la banque des femelles connues autrement.

Noms des femelles et des groupes

Les noms viennent des fichiers ; vous pouvez les modifier, le tableau suit.

Tableau des compatibilités

Chaque cellule donne le nombre de juvéniles du groupe (colonne) dont le génotype est compatible avec celui de la femelle (rangée) à tous les locus, c'est-à-dire qui partagent au moins un allèle avec elle à chaque locus génotypé chez les deux. Sous le nombre : l'effectif du groupe et le pourcentage. La dernière rangée, Aucune, compte les juvéniles compatibles avec aucune des femelles ; comme un juvénile peut être compatible avec plusieurs femelles, les rangées ne s'additionnent pas forcément à l'effectif. Souligné : la femelle reconstituée à partir de ce groupe. Sur fond teinté : le ou les groupes testés. La page n'émet aucun verdict ; la comparaison des colonnes revient à l'usagère.

Le fichier des génotypes des femelles (reconstituées et déjà connues) donne une femelle par ligne. Dans les trois formats offerts sauf la barre oblique, il se recharge tel quel comme fichier de « femelles déjà connues » : c'est une façon de tenir la banque.

Comparaison des groupes deux à deux (test exact de Fisher)

Pour chaque paire de groupes, la page teste si la répartition de leurs juvéniles entre les catégories de compatibilité diffère. Le test exige que chaque juvénile compte une seule fois : un juvénile compatible avec plusieurs femelles est donc placé dans une catégorie combinée (par exemple « FGrise + FRose »), au lieu d'être compté dans chaque rangée comme dans le tableau ci-dessus.

S différence significative (p < seuil)  ·  NS pas de différence significative (p ≥ seuil)

Chaque case donne la p-valeur du test exact de Fisher pour la paire (rangée, colonne). p < seuil : les deux groupes diffèrent probablement. p ≥ seuil : on ne peut pas conclure qu'ils diffèrent. Prudence : deux groupes presque entièrement dans la catégorie « Aucune » ne diffèrent pas, mais cela ne veut pas dire qu'ils viennent de la même femelle ; il est préférable de ne tester qu'un seul groupe hors référence à la fois. Les p-valeurs ne sont pas corrigées pour le nombre de comparaisons.

Méthode

Proposition de Pierre Duchesne. Un juvénile est compatible avec une femelle s'il partage au moins un allèle avec elle à chacun des locus où les deux sont génotypés ; un vrai rejeton l'est toujours, sauf erreur de génotypage. Les femelles de référence sont reconstituées par la méthode du nombre de compatibilités (règle des génotypes candidats comprise), validée contre le programme Maple de l'auteur. Le calcul du tableau a été vérifié par une programmation indépendante sur l'exemple (20 cellules identiques, rangée « Aucune » comprise). Comparaisons : test exact de Fisher (1922) pour une table à plusieurs rangées et deux colonnes (extension de Freeman et Halton, 1951), vérifié contre la fonction fisher.test de R 4.3.3 sur les 10 paires de l'exemple et 300 tables aléatoires (écart relatif inférieur à 10−6).