Test d'hybridation en présence de génotypes multiploïdes

Données

Par défaut : le jeu de test 2026 (embarqué). Pour analyser vos propres fichiers, téléversez les matrices d'espèces de référence (une par espèce ; disposition FLOCK : identifiant + 2 colonnes par locus, une par allèle) et le fichier des testés (même disposition ; les lignes développées _A, _B… sont regroupées automatiquement). Formats : .xls, .xlsx, .csv. Le nom du fichier (sans extension) sert de nom d'espèce ; tous les fichiers doivent partager le même panel de locus.

Références (≥ 2) : Testés :

Lignée A : Lignée B : Itérations : 10 moyenne

Chaque graphe prend une lignée parentale comme référence et classe les log-vraisemblances en ordre croissant. Un hybride de A et B se place entre les deux courbes parentales, dans les deux graphes. Un locus à 3-4 allèles donne une courbe par itération.

Portraits des groupes

Effectifs et composition de ploïdie locus par locus (nombre de génotypes ayant 2, 3 ou 4 allèles à chaque locus).

Étape 1 — Y a-t-il un signal d'hybridation ?

Les courbes montrent-elles la présence probable d'hybrides ?

Oui Non

Étape 2 — Candidats-hybrides (critère par centiles)

À 0 : min/max (le plus strict, sensible aux génotypes singuliers). Monter le centile élargit l'intervalle et retient plus de candidats ; une hausse brutale du nombre à un certain niveau trahit l'effet d'outliers parentaux. Valeur suggérée : 5.

Centile (stringence) : 5

ID gras, couleur normale : candidat retenu pour cette référence seulementID gras en vert : candidat retenu pour les deux références