Transforme une matrice de génotypes en disposition FLOCK — un allèle par colonne, prête à rouler.
1 Les données
Collez la matrice, ou ouvrez un fichier : classeur Excel ou OpenDocument (.xlsx, .xls, .ods ; une feuille à la fois, au choix) ou texte (.txt, .csv). Une ligne par individu : l'identifiant, puis les génotypes (allèles collés, 3 chiffres chacun — 147167, ou 155171187 pour trois allèles). En format PAPA/PASOS, le fichier des génotypes n'a pas d'en-tête ; s'il en contient un (noms de locus en première ligne, comme une matrice Excel), il est reconnu automatiquement. Les colonnes qui ne contiennent pas de génotypes (par exemple une colonne « Type ») et les lignes sans identifiant ou sans aucun génotype (par exemple des plages d'allèles sous l'en-tête, ou un intertitre) sont ignorées. Une case vide dans une colonne de génotypes compte comme donnée manquante.
En format PAPA/PASOS, les noms de locus sont dans un fichier séparé (ex. names_of_loci.txt : L1 L2 L3…). Collez-les ici ou ouvrez le fichier. Facultatif si les génotypes ont déjà un en-tête ; laissés vides et sans en-tête, les locus seront nommés L1, L2, …
2 Les règles
FLOCK travaille en diploïde (2 allèles par locus). Un locus à 3 ou 4 allèles est donc développé en plusieurs versions à 2 allèles. « Toutes les combinaisons » les énumère exhaustivement (ex. 157161169 → 157161, 157169, 161169) ; « tirage aléatoire » en prend un nombre fixe au hasard, utile si un individu cumule beaucoup de locus multi-allèles.
3 Le résultat
Copier-coller cette matrice dans le classeur FLOCK, ou l'enregistrer : en Excel (.xls), le format que FLOCK sait ouvrir, ou en CSV. Les pages de calcul du guichet acceptent les deux. Les allèles sont séparés, les manquants à 0.
Chaque individu à plus de 2 allèles a été scindé. Voici, pour chaque version, la combinaison retenue — pour interpréter ensuite les sorties de FLOCK.
| Identifiant | Combinaison retenue |
|---|