Agréger les juvéniles d'une même femelle

Pour chaque fichier, la page cherche la plus grande combinaison retenue qui le contient (un seul génotype candidat, incompatibles sous le plafond, au total et dans chaque fichier). Les fichiers de cette combinaison forment son groupe : ils pourraient provenir d'une même femelle. Un groupe choisi par plusieurs fichiers n'est présenté qu'une fois. Il est cohérent si chacun de ses fichiers l'a pour seule plus grande combinaison. Sinon, la page le signale : un fichier appartient à des groupes différents, ou plusieurs combinaisons de même taille sont à égalité, et les données ne permettent pas de trancher. Le tableau donne, pour chaque fichier, ses incompatibles sur son nombre de juvéniles ; comme le plafond s'applique aussi à chaque fichier, aucun ne le dépasse dans un groupe. Dans le graphe, chaque fichier est un point ; les fichiers d'un même groupe sont reliés par des traits de la couleur du groupe, en pointillé si le groupe n'est pas cohérent. Un point plein a la couleur de son groupe ; un point blanc cerclé de rouge a plusieurs plus grandes combinaisons à égalité ; un point blanc cerclé de gris n'appartient à aucune combinaison retenue. Chaque point porte aussi le nom de son ou ses groupes. Un groupe est une hypothèse à examiner, non une conclusion.

Génotype candidat : l'un des meilleurs candidats à la reconstitution de la femelle. C'est un génotype à tous les locus à la fois, deux allèles par locus. À chaque locus, la méthode du nombre de compatibilités retient un ou plusieurs génotypes (s'il y a égalité et qu'un homozygote en fait partie, seul l'homozygote est retenu). Les génotypes candidats sont toutes les façons de choisir un génotype retenu à chaque locus ; leur nombre est le produit des nombres de génotypes retenus, locus par locus. Il n'y en a qu'un si un seul génotype est retenu à chaque locus. Un locus sans aucun juvénile génotypé reste inconnu (« ? »).
Pour chaque combinaison, les fichiers sont fusionnés et la femelle est reconstituée par cette méthode. Incompatibles : nombre de juvéniles de la combinaison qui ne partagent aucun allèle avec le génotype reconstitué à au moins un locus ; un vrai rejeton de la femelle n'en a aucun, sauf erreur de génotypage. Entre parenthèses, les pourcentages d'incompatibles de chaque fichier (sur son nombre de juvéniles), dans l'ordre de la combinaison, puis le pourcentage global, en gras ; en rouge, ceux qui dépassent le plafond. Génotype reconstitué : un seul génotype candidat, dont aucun de ces pourcentages, global ou par fichier, ne dépasse le plafond choisi ; il est affiché, avec un numéro qui est le même pour toutes les combinaisons qui donnent ce génotype. Rejeté : un seul génotype candidat, mais trop d'incompatibles, au total ou dans l'un des fichiers : la femelle reconstituée est probablement factice (génotype barré). Inversement, quelques incompatibles peuvent venir d'erreurs de génotypage dans des fichiers d'une même femelle. Non : plusieurs génotypes candidats sont possibles (leur nombre est indiqué) ; en jaune, les combinaisons qui en donnent exactement deux, détaillées plus bas. Un locus sans aucun juvénile génotypé dans la combinaison reste inconnu (« ? ») et la femelle est reconstituée sur les autres locus. La page n'émet aucun verdict sur les liens entre femelles.

Mise en garde : un mélange peut rester sous le plafond. Une combinaison qui réunit des fichiers de femelles différentes peut donner un génotype unique qui n'existe pas, avec peu d'incompatibles, pour deux raisons.
1) La dilution. Le pourcentage est calculé sur l'ensemble des juvéniles de la combinaison, et le génotype reconstitué est surtout celui de la femelle du fichier le plus gros. Les incompatibles viennent alors du petit fichier et se diluent dans le total. Exemple fictif : 40 juvéniles tous compatibles, plus un nid de 4 juvéniles d'une autre femelle, tous incompatibles : 4 sur 44, soit 9 %, sous un plafond de 10 % comme de 20 %. Au seul plafond global, un fichier étranger peut ainsi passer inaperçu s'il compte au plus un neuvième des juvéniles des autres fichiers (plafond de 10 %), ou un quart (plafond de 20 %).
2) Une femelle « composite ». À un locus, le génotype reconstitué peut prendre un allèle de chacune des deux femelles. Il est compatible avec les juvéniles des deux nids si, dans chaque nid, tous les juvéniles portent cet allèle de leur mère. C'est toujours le cas si la mère est homozygote, et c'est fréquent dans un petit nid : à un locus donné, tous les juvéniles d'une mère hétérozygote ont reçu d'elle le même allèle une fois sur 2 avec 2 juvéniles, une fois sur 8 avec 4, une fois sur 512 avec 10. De plus, un allèle très fréquent, porté par les deux femelles, rend un locus peu informatif. Une femelle composite peut ainsi être compatible avec tous les juvéniles du mélange.
Le piège tient donc à la petite taille d'un fichier, par rapport aux autres (dilution) ou en elle-même (femelle composite). Le plafond appliqué à chaque fichier écarte la dilution ; une femelle composite, elle, peut rester sous le plafond partout. Le tableau des groupes signale les groupes non cohérents.

Quand une combinaison donne exactement deux génotypes candidats, la page ne retient ni l'un ni l'autre ; pourtant, l'un des deux peut être celui de la femelle. Ces combinaisons sont surlignées en jaune dans la liste. Ici, pour chacune, les deux génotypes (A et B) sont donnés avec leurs incompatibles, calculés comme pour un génotype reconstitué : pourcentages fichier par fichier puis global, en rouge au-delà du plafond. Sous le plafond : oui si aucun de ces pourcentages ne dépasse le plafond. En surligné : les locus où les deux génotypes diffèrent. Des informations additionnelles (autres nids, femelles connues) peuvent permettre de trancher entre les deux.

La banque contient une femelle par ligne : identifiant, puis son génotype, en disposition FLOCK (2 colonnes par locus) ou à allèles collés (1 colonne par locus, ex. 268272), avec les mêmes noms de locus que les juvéniles ; on peut charger plusieurs fichiers, par exemple les génotypes obtenus en laboratoire et les génotypes reconstitués, et la page indique de quel fichier vient chaque femelle. La liste examinée comprend d'abord les génotypes reconstitués retenus (en vert), puis, pour les combinaisons à deux génotypes candidats, ceux qui respectent le plafond (en jaune). Un génotype est présent dans la banque s'il est identique à celui d'une femelle de la banque à chaque locus où les deux sont connus ; le nombre de locus comparés est indiqué, car une femelle de la banque dont plusieurs locus manquent est comparée sur moins de locus. Sinon, la page donne la femelle la plus proche : la plus faible proportion de locus différents parmi les locus comparés (à égalité, celle qui est comparée sur le plus de locus). Il revient à l'usagère d'ajouter à la banque les génotypes jugés sûrs qui en sont absents : le fichier des génotypes distincts, plus haut, en disposition FLOCK, s'y prête. La banque complète la reconstitution sans la remplacer : elle peut être incomplète.